Marcelo Xavier se envolveu em algumas polêmicas durante sua gestão. Ele foi investigado, por exemplo, por ter sido conivente com um servidor do órgão, suspeito de arrendar ilegalmente terras indígenas no Mato Grosso. Com autorização da Justiça, a Polícia Federal interceptou uma ligação de Xavier. Nela, ele oferece apoio para Jussielson Silva, ex-fuzileiro naval e ex-chefe da Funai no município mato-grossense de Ribeirão Cascalheira e que, inclusive, já está preso.
Ele também se tornou alvo de denúncia do Ministério Público Federal (MPF) por produzir um relatório de inteligência ilegal utilizado para perseguir e acusar falsamente servidores da pasta.
Este ano, Marcelo Xavier deixou um evento em Madri, na Espanha, após ser atacado por ex-funcionários da Funai. Tratava-se do 3º Encontro de Altas Autoridades da Iberoamérica com Povos Índígenas, evento do Fundo para o Desenvolvimento dos Povos Indígenas da América Latina e Caribe (Filac, da sigla em espanhol) que antecede a Assembleia Geral do organismo.
O grupo de trabalho (GT) dos Povos Originários do presidente eleito Luiz Inácio Lula da Silva discutiu ao longo da transição onde alocaria a Funai, se dentro do novo Ministério ou se será mantido na Justiça e Segurança Pública. Os membros do GT consideravam que a instituição teria sido “distorcida” durante o governo de Jair Bolsonaro.
